初アニメ化から５０周年を記念して制作された本作は第6期となる。21世紀となってから20年近くが経ち、妖怪の存在が忘れ去られてきた現代が舞台。街中で、科学では説明できないような不可解な出来事が起こり、13歳の少女・まなは、半信半疑で妖怪ポストに手紙を出す。すると、ゲゲゲの鬼太郎がやってくる。彼女の話を聞いた鬼太郎は、妖怪が関わっていると確信し、人間の世界に現れる妖怪が引き起こした問題を解決していく。

「水木しげる没後10年の節目に、過去に放送されたアニメ第1期～第6期の中から鬼太郎ゆかりの著名人がセレクションしたエピソード『ゲゲゲの鬼太郎 私の愛した歴代ゲゲゲ』を放送。※放送は終了しております。