学校をあげてボートのクラスマッチを行っている三津東高校。誰もが全力で競技に挑む中、ひとり冷めた表情なのは2年生の村上悦子。才能もないのに頑張ったって仕方ない……そう気づいてからの悦子は、勝負をあきらめてばかりいる。
そんなある日、悦子のクラスに高橋梨衣奈という転入生がやってきた。クラスマッチのレースに感動した梨衣奈は、悦子と幼なじみの佐伯姫を巻き込み、廃部状態だったボート部の復活に奔走する。同学年の兵頭妙子と井本真優美が入部し5人になると、名義貸しのつもりだった悦子も渋々、初の大会に出場することに。
試合当日、理想と現実の差に打ちのめされてしまった悦子たち。全員がゴールをあきらめかけた瞬間、悦子がオールを再び握りしめる。「私、もっと上手くなりたい」という悦子の言葉で、5人の気持ちはひとつになるー！
悦子たちは今、海に漕ぎ出す。「がんばっていきまっしょい！」の掛け声と共に。

松山を舞台に、ボート部に青春を懸けた女子高校生たちの姿を描く青春小説『がんばっていきまっしょい』。その設定を現代に変えながら、原作の普遍的な魅力をスクリーンに活写した劇場版アニメーション。